‘活佛转世’制度确立后，格鲁派的地位终于稳固下来，并在具有高超政治能力的‘活佛’根敦嘉措的领导下，帮助帕竹王族从拉萨赶走了仁蚌巴，并取得了主持祈愿**会的地位。根敦加措还进行了一系列政治改革，使格鲁派的组织更严密，更具有政治影响力。(ｎｄｄｘｓ)•(ｃｏ)
然而理想还未变成现实，根敦嘉措圆寂，使教派重新陷入危机。这就迫使格鲁派上层决定继续执行活佛转世制度，将挑选转世灵童作为关系教派存亡的大事来办。经过寻访，终于找到了一位理想的幼童，他就是沈默面前的索南嘉措。
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根据军情司的细致调查，索南嘉措的俗世家族，与帕竹王族有着密切的关系，而不是格鲁派对外宣称的小农奴主家庭……他的生父在拉萨政权中担任要职，母亲更是帕竹王族的嫡系，且夫妻俩都是格鲁派信徒。
到这时，格鲁派与其他教派最大的区别彻底显现——那就是强烈的政治性
当索南嘉措长大成人，接任格鲁派领袖时，形势又一次对他的教派非常不利——虽然仁蚌家族被赶下台，然而帕竹政权衰落不堪，另一个豪族辛厦巴家族趁机掌权，这个家族仍然支持红教，不仅把主持祈愿**会的资格还给了红教，还禁止格鲁派僧侣参加**会。
格鲁派再次在拉萨被边缘化。为了生存，他们不遗余力地寻找其政治与军事上的新的保护人和支持者，以期摆脱这种被歧视、排挤甚或夭亡的窘境。但是西藏地区已经没有可以胜任的势力了。
就在这时，俺答汗强势经营青海，其展示的实力，远超过藏区的任何势力，很多藏族的僧俗己归附于他。很显然，格鲁派将寻找后台的目光落在了他的身上……问题是，虽然俺答的儿子，驻守青海的丙兔台吉已经皈依了喇嘛教，俺答对这种宗教也不排斥，但并不允许他在属民中传播。
根据可靠情报，索南嘉措的舅舅阿兴喇嘛，已经秘密到过呼和浩特，求见了俺答，具体的谈话内容不得而知，但结果是俺答将阿兴喇嘛奉为上宾，并派自己的儿子丙兔台吉，邀请索南嘉措往呼和浩特一晤，但索南嘉措却没有立即答应。
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因为几乎同时，来自大明宰相的邀请，也摆在了索南嘉措的面前。
虽然这些年，俺答汗让大明王朝很没面子，并将明朝在青海塞外四卫全都拔出，只剩下一个西宁卫。但藏地，毕竟还是奉大明为主的——当初永乐皇帝在藏地封三**王，分领喇嘛教；封护教五王，分领广袤藏地，并允许他们定期朝贡……因为朝廷向来秉承‘薄来厚往’的朝贡政策，其实明摆了，就是给这些藩篱土王以好处，换取他们乖乖听话不闹事。所以自永乐至今，藏地僧俗领袖争相朝贡，虽然加重了国家财政的负担，但也正是因为这种输血，使得明与藏地仍然维系着主臣关系。
是赴俺答的约还是赴大明的约，如果是一般人，大抵会选择前者，毕竟当时大明还未表现出收复河套的意图，本着‘县官不
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