月以来，南京言官们弹劾张清的副本推出来给诸生阅看，竟有近百本之多。众人惊愕之余，他又道：“京里的阁老、部堂们也不停劝谏，希望皇帝能召回张清等人，安抚东南百姓，”说着重重叹息一声道：“无奈……”后边话打住了，大家也知道他说的是什么。
“本官无能，任官南京数年间，未尝有一善政于百姓。”孙鑨接下来的话，让心凉了半截的众人，又一次热血沸腾起来，只听他说道：“我已经写好了辞呈，准备去骂张清一顿，谁要是也有此念头，不妨同去，责任都算我的。”说着狠狠的骂一声道：“道不行，乘桴于海上，这鸟官不当也罢！”
见素来不苟言笑的孙都堂，竟然爆出粗口，众人欢呼起来，全数跟着他，便转而来到张清的署衙，张清哪里会见他们，赶紧让手下的太监挡住，双方扭打一处，冲突持续了两个时辰，愤怒的南京民众越聚越多，最后聚起了一万余人，蜂拥冲入署衙之中，吓得张清逃匿皇宫，整个南京城的宦官都不敢出门。
情形发展到如此地步，万历依旧不思安抚，而是严令南京守备太监，护送张清周全回京——张清就这样带着掠夺来的金银财宝，安然无恙地回到北京城。虽然迫于压力，万历在没有凑足额定的三百名宫女的情况下，终止了此次挑选宫女的计划。但他并不认为错在己方，而是跟认定了，是因为地方官跟自己对着干，命锦衣卫将不与张清合作的苏州知府李商畊、无锡知府钱守训、推官赵文炜、吴江知县华钰、太仓知县车任重、南京兵备佥事冯应京逮治问罪。而直接导致南京sāo乱的南督御史孙鑨，也被押解进京。
孙鑨被关在诏狱时，万历让人送了把宝剑过去……他实在是想借机杀了这个沈默死党，于是耍了个小聪明，让送剑给他的太监传话道：‘你自裁吧。’但当孙鑨自杀了，他又可以矢口否认，说只是赐一把剑而已。自幼被称为神童的万历皇帝，从来不缺乏这种自以为是的小聪明。
谁知孙鑨听了口谕后，便伸出手来。
“干嘛？”太监有些愣了。
“皇上既然要赐死我，肯定要有手谕的。”孙鑨淡淡道。
太监拿不出，支吾着退了出来，后来竟没了下文……
孙鑨便将宝剑悬于腰间，端坐在牢房中，想坐就坐、想卧就卧，谁也不敢靠近……因为他说，这可是御赐的尚方宝剑，杀人不用偿命的！
小样，想吓唬我？还nèn了吧！
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孙鑨等人被关在诏狱，大臣们自然积极营救，内阁诸位大学士，以集体辞职为要挟，终于使万历同意放人，但在谕旨中严厉的明示，只此一次，下不为例！如有再犯，定斩不饶！
万历这次之所以答应痛快放人，并不是他想与大臣修复关系。事实上，君臣之间已经如感情破裂却又无法离婚的夫妻，不过是搭伙过日子，各行其职罢了。真正促成这次赦免的，其实是他的母亲李太后，而李太后之所以退隐多年再理政