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另外两大水师，由辽东总督节制北海水师，由未来的江南总督节制南海水师，总督成为真正的封疆大吏。
再有就是，秦清决定在废除卫所制度的同时裁撤名存实亡的五军都督府，收权于兵部，兵部又听令于内阁，内阁集军政大权于一体，直接听命于皇帝，最终的决定权还是在皇帝手中。
总而言之，内阁统领六部、都察院、地方督抚，内阁成员由六部尚书或其他重臣充任，内阁拥有票拟之权，废黜宦官之后，皇帝直接掌握批红之权，拥有最终决定之权。
这是官职上的变化，除此之外，秦清也尽可能地精简勋官、散官、爵位。
大魏素来有职官、勋官、散官之分，职官就是真正掌握实权的官职，比如六部九卿、地方督抚等等，散官又称散阶，没有职权，只是个空名，享有对应品级的待遇。
勋官则是类似于爵位，又不完全相同。比如大名鼎鼎的“上柱国”便是正一品的勋官，比如某些重臣故去时，皇帝赠“上柱国”，便是封赏勋官。
秦清决定废除勋官和散阶制度，只保留爵位制度。爵位自皇帝以下，分为七等：亲王、郡王、公爵、侯爵、伯爵、子爵、男爵，不论内外，不得世袭罔替，依次递减，直至庶人。
同时秦清又保留了“三公”、“三孤”、“三师”、“三少”，也就是：太师、太傅、太保、少师、少傅、少保、太子太师、太子太傅、太子太保、太子少师、太子少傅、太子少保等十二个荣誉官职，并无实权，用以加封或追赠。
其中“三公”是为正一品，“三孤”是为从一品，“三师”是为正二品，“三少”是为从二品。
当年张肃卿就曾被加封太师，被视为位极人臣。不过按照规矩，加封太师之后，皇帝要执弟子礼，所以很少有人能生前加封太师，大多是死后被追赠。同理，储君对太子少师也要执弟子礼。
当秦清将消息放出之后，朝野议论纷纷，没有几人敢奢求“三公”，能够传给子孙后代的爵位才是关键，如今还要看赵政和秦襄的爵位如何，才能确定其他人的爵位。这两位一个是文臣之首，一个是武将之首，若能得王爵，其他次一等之人也许能封公爵，可如果两人仅仅是公爵，那么其他人就是候、伯爵位了。
至于秦道远和秦道方二人，身为宗室，不能一概论之，多半都是王爵，可就算如此，宗室也显得十分单薄。
如今秦道方身为地方督抚，并不在帝京城中，秦道远跟随秦清来到帝京，除了担任户部尚书之外，还兼了宗人令，只是如今宗室人数稀少，也没有什么好管的，主要就是会同礼部尚书梅盛林一起将前朝徐家诸帝迁出太庙，再将秦家祖先迁入其中，算不得什么难事，关键是
繁琐。
秦清忙于内政，秦襄的战事却是极为顺利。
在太平宗的协助下，秦襄于七月底攻占了芦州全境，楚州成为一处孤地，各府县纷纷请降，几乎是不战而下。在此过程中，沈元重、许飞白等人戴罪立功，秦襄上奏朝廷