诸郡， 离着江宁较远， 一旦有事，难以支援。于是吴州都督府便设在吴郡，而又令副都督驻扎在江宁。
江宁跟江都条件差不多，兵力亦不少，因此牢牢地挡住了南渡的龙龛。
此时王雄诞西进，到达石头城，乃命人乘高据险，多张旗帜，夜里缚扎炬火于树上，遍布山泽之间。
龙龛以为隋军主力到达，心中大为惊惧，于是烧营而逃，准备退往新安等地。
王雄诞尾追而至，大破龙龛，并将其擒获。
所以说辅公祏要等的两部，在辅公祏尚未渡江南下之前，都已经覆灭，化作烟尘了。
本来辅公祏渡江，正在江南帮着吴州都督府平定叛乱的王雄诞并不清楚，若辅公祏马不停蹄地往南赶，王雄诞也来不及拦截。只是辅公祏非得要汇合冯慧亮、龙龛二部，乃命人四面搜寻，最终是漏了踪迹。
于是王雄诞立刻化身搜山小猎犬，直奔辅公祏而去。
隋军突袭江乘，行动迅捷。等到城中的叛军发现之时，隋军已经堵住了江乘的城门。
辅公祏听到官军驾到，吓得瑟瑟发抖，他第一次发现自己，从来没有像现在这般如此畏惧官军过。
幸好江乘城自南陈灭亡之后便废止，城内居民也迁入江宁县中。这座故城在废止近三十年后，到处是断壁残垣，城墙破损处更是不知凡几。
辅公祏等人找了一处破损城墙类似于狗洞处的地方，偷偷逃了出去。
不过这也躲避不过隋军追击。
王雄诞在后穷追不止，斩杀无数，到最后辅公祏身边只剩下不到数十人。
辅公祏一路惶惶然，天地之地，竟无处可逃。
此时危急不独于外，还滋生于内。
眼看如老鼠一般，东躲西藏，疲于奔命，跟随辅公祏逃命的孙安竟然心中起了旁的念想。
他毕竟是杜伏威的义子，倒是心存企图，觉得要是杀了辅公祏反正，还有至少五成的把握幸免。
于是孙安鼓动一批和他心思相同的人，趁夜兵变。
不过孙安小看了辅公祏。
不管怎么说，辅公祏也是大风大浪里出来的，几经生死，更兼他心思深沉，最擅长的，反倒就是这些阴晦之事。
因此他很快便发现了孙安的不对劲。
于是辅公祏乃抢先动手，和西门君仪一同，给孙安来了一个反杀。
孙安身死，谋反小团体也覆灭，但辅公祏这几十人又减少了一少半，更没有多少实力。
辅公祏一路南逃，在溧水县，行迹败露，又遭到当地官军围剿。
辅公祏丢下妻子儿女，独身带领几心腹，冲破关卡逃走。
而到了宣城郡绥安县（今安徽省广德市）时，辅公祏一行只剩下不到十人。众人因为缺衣少食，不得不冒险抢粮，最后在进入一村庄时为当地农民发现，遂遭到当地农民的攻击。
这辅公祏也是胆大，本来就是挨揍的事，没想到他竟然带着众人持刀抵抗。对方死了人，当然不罢休，最终双方展开了混战。
混战之中，西门君仪战死，辅公祏被抓，扭送至官府，然后身份败露，最后又被送到丹阳。
至此，声震一时，惊动南国的辅公祏叛乱，彻底落下了帷幕。！