廷圣旨也到了大同府，被抓获的几千人由民间人士担保，情节轻微的被联名取保放出，大同府就开始了大规模的镇压行动。
天启四年七月十三rì，大同城的传统刑场菜市口迎来了它自建城以来最辉煌，也是最血腥时刻，每天菜市口就有三百左右的人被砍头，大同城万人空巷集体观看真是热闹非凡，有头脑的大做生意赚钱不少，卖吃的，卖喝的，就是卖扇子怎么热的天也能赚钱，杀人时大姑娘，小媳妇的吓得一跑这鞋子就掉了，那天没有几百双，卖鞋子都能赚钱，这大同城的生意确实火了一把。
整整杀了十一天到七月二十三rì那天才封刀，被杀的有头有脸的人有：大明大同参将刘大伟，一个游击，两个千总，有品文官七人，大同王家货栈家主，大同张氏货栈家主，宣府王公子，宣府范家范永宁，宣府田家的掌柜，大同王家的掌柜，宣府范三掌柜，大同张氏掌盘子，钱家掌盘子的以及家眷，同党，下人朝廷规定的诛杀的亲属三千八百七十三人，比规定多杀了一天，后来传说是人太多杀不过来，也有另一种说法讲是侩子手杀得的心都杀软了，最后【屠神】薛云逼着大家多杀一天才杀完。
这场屠杀让大同的官员、军民见识了薛云的铁血，从北门拉出去的死尸走了十一天，菜市口到武定门多少年后走夜路的人还觉得yīn风惨惨轻易不敢夜行。薛云在北门外五里外的地方建了一个大坟，立一大碑上书【通敌卖国者诫】。
薛云大同肃反据《《后金秘史》》天朝篇记：大同事变，断我血脉，使我无数异族兄弟命丧他手，所获金珠财物不能变米粮，宝石黄金不能变刀枪，实为我朝最困难时期，破坏了大汗养生休息的大计，让我朝为了生存不得不消耗本来就很少的血本，由于缺少南朝物资供给使我朝发展停顿开始出现灾荒。
朝廷的内斗也分出了胜负，司礼监秉笔太监东厂提督魏公公一党胜出。原来叶向高成为内阁首辅，都御史**星，左副都御史杨涟，佥都御史左光斗等一干东林党人失败，杨涟疏劾魏忠贤迫害朝臣、迫害妃嫔、蓄养私兵、罗织狱案，共二十四条，其他大臣也群起而攻之。
在魏忠贤指使下，给事中阮大铖编出《点将录》，以《水浒传》中人物排号，有天罡星三十六人：托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、白面郎君郑郧、霹雳火惠世扬、鼓上蚤汪文言、大刀杨涟、智多星缨昌期等；地煞星七十二人，有神机军师顾大章、青面兽左光斗、金眼彪魏大中、旱地忽律游士任等。
魏忠贤将其水浒一百零单八将和礼部郎中顾正南，大同副总兵杨庆以及宣大商人私通蒙古，建州鞑子叛国投敌事件联系在一起报给皇上，天启皇帝朱由校勃然大怒下旨严办内阁首辅：叶向高去职，**星、高攀龙致仕，杨涟、左光斗削籍。礼部郎中顾正南，大同副总兵杨庆抄家夷三族弃市，从犯等人斩首。
朝廷文官实力削弱，薛云的rì子也好过不少，不知道是不是银子起了作用，朝廷兵部几次上报大同府总兵一职的入选，最后都被宫里给